本プログラムの最大の特色は、グローバルヘルス分野で世界最高峰に位置するロンドン大学衛生・熱帯医学大学院（LSHTM）との連携を中心とした教育カリキュラムを構築していることにあります。卓越した人材を育成するうえで最も有効な手段は、個々の学生がそのロールモデルとなるべき世界トップレベルの教員・研究者たちと共に、卓越した国際共同研究・教育・対策プロジェクト等に実際に参画することです。グローバルヘルス領域で、第1回、第2回の野口英世アフリカ賞受賞者であるBrian Greenwood教授及びPeter Piot学長を筆頭に多くのロールモデルが集結し世界最高位に位置するLSHTMと長崎大学の戦略的パートナーシップを構築し、そこへ卓越した長崎大学の蓄積・経験を含む日本独自のポテンシャルを統合させ、世界に貢献できる人材を輩出していくことが本プログラムの核心となります。

本学には、熱帯医学に関する国内唯一の大学附置研究所「熱帯医学研究所」を核として、大学全体で感染症研究を推進してきた75年の伝統と歴史に基づいた教育研究環境があります。熱帯医学を志す医師、研究者が長崎に集結し、アジアやアフリカのフィールドに赴き、現場に根ざした研究や人財育成に尽力し、途上国の人々からの信頼をかちえてきました。
また、熱帯医学研究所は文部科学省の支援による二つのCOEプログラムが10年間継続されるとともに、2005年にはWHO「熱帯・新興ウイルス感染症に関する」研究協力センターに指定され、日本を代表する感染症・熱帯医学研究拠点として認知されるに至っております。さらに、その研究力を基盤とし、2012年度に大学院医歯薬学総合研究科新興感染症病態制御学系専攻（博士課程）において博士課程リーディングプログラム「熱帯病・新興感染症制御グローバルリーダー育成プログラム」を開設しており、人材育成の面においてもこの強みは活かされています。
さらに、本学は2005年ケニアとベトナムに常駐型拠点を設置し、フィールド研究の規模を拡大しました。これにより大学院生が長期にわたり熱帯病の流行地でフィールド研究を行うことが可能な体制が整いました。本プログラムにおいても、本学が持つこれらの海外研究拠点に加え、LSHTMのガンビアやウガンダのフィールドを始め国内外の連携先機関が持つ教育研究フィールドへの学生の相互派遣や海外フィールドを活用し卓越した共同研究を促進していきます。。

長崎大学は、我が国の国際保健政策の中心となっている国立国際医療研究センター（NCGM）と連携大学院協定を締結し、連携を強化してきました。2017年4月には、このNCGMとの連携を強化すること及び首都圏に内在するグローバルヘルス分野に関する社会人の強いニーズに応えるため、同センター内にNCGMサテライトキャンパスを設置しました。
また、北海道大学・東北大学・東京大学・東京医科歯科大学・大阪大学・神戸大学・九州大学及び慶應義塾大学と、2014年1月に協定書を取り交わし、相互に連携・協力して感染症研究コンソーシアムを結成しました。このコンソーシアムは、世界トップレベルの拠点形成及び感染症分野での世界をリードする人材の育成により、感染症に対する世界の安全・安心の向上に資することを目的としています。
本卓越大学院プログラムでは、北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター及び帯広畜産大学原虫病研究センターの教員もプログラム担当者として参画していただいており、さらに連携を強化していくこととしております。
加えて、エイズ（HIV）やエボラ出血熱など新興感染症の診断検査の開発、マラリア対策に向けた新たな技術開発、日本が開発した認証技術をアジア・アフリカの健康増進へ応用、顧みられない熱帯感染症（Neglected Tropical Diseases）に対する創薬など、様々なグローバルヘルス企業とも連携しており、オールジャパン体制で本プログラムを展開する環境が整備されています。